Als 2005 der Terror im Namen des Islams durch die Anschläge in London und Madrid näher rückte, beschloss «Integration Basel», regelmässige Kontakte zu den Moscheevereinen zu pflegen und gleichzeitig den zivilgesellschaftlichen interreligiösen Dialog zu begleiten. Im April 2007 empfingen die zuständigen Regierungsräte und Integrationsverantwortlichen im Basler Rathaus Vertreter aller Moscheevereine der beiden Basel sowie der alevitischen Vereine und engagierte Einzelpersonen. Dies war der Auftakt der Gründung des Runden Tischs. Daran beteiligt sind dreizehn Kirchen und Religionsgemeinschaften sowie die beiden Dachverbände Basler Muslim Kommission und Evangelische Allianz. Die inhaltliche und organisatorische Verantwortung liegt bei der Basler Koordinationsstelle für Religionsfragen.

Bereits im Mai 2007 fand die konstituierende Sitzung statt. Das Ziel, problem- und lösungsorientiert den Austausch und die Zusammenarbeit mit den kantonalen Behörden von BS und BL zu verbessern, wurde im Folgejahr zu Leitprinzipien ausformuliert. Für viel Gesprächsstoff am ersten Runden Tisch sorgte das Papier zum «Umgang mit religiösen Fragen an der Schule» des Erziehungsdepartements BS. Klärungsbedarf bestand vor allem in der Frage der Dispensationen. Die Handreichung wurde in den Grundzügen von mehreren Kantonen übernommen und zweimal überarbeitet. Am Runden Tisch wurde auch über die verschiedenen Formen von Religionsunterricht an den Schulen debattiert.

Belastungsproben für den Runden Tisch waren immer wieder Konflikte in den Herkunftsgebieten der Mitglieder, zum Beispiel der Gazakrieg Anfang 2009. Weiter führte der zunehmend islamisch begründete Terror zu einem wachsenden Misstrauen auch gegenüber hiesigen Musliminnen und Muslimen. Die Koordination für Religionsfragen organisierte mit der Basler Muslim Kommission einen Workshop zum Thema Radikalisierungsgefahr. Gleichzeitig diskutierten wir über Diskriminierungsschutz und die Sorgen der Anwesenden. Parallel dazu verpflichteten sich die Mitglieder am Runden Tisch zu mehr Eigenverantwortung und Selbstkontrolle als Hausherren in ihren Gotteshäusern. Vor dem türkischen Verfassungsreferendum im Frühling 2017 führte eine Aussprache zwischen den verschiedenen Konfliktparteien, den beiden Integrationsstellen und einer Vertretung der Polizei BL zu einem Bekenntnis für ein friedliches Miteinander.

Die Aufgaben des Runden Tischs und der Koordination für Religionsfragen ergänzen sich. Die fachliche Arbeit im Hintergrund ist nötig, um Konfliktpotentiale zu erkennen und direkt anzugehen. Der Staat hat andere Aufgaben und Möglichkeiten als zivilgesellschaftliche interreligiöse Vereinigungen und einzelne Aktivisten. Die Koordination für Religionsfragen hat die Religionslandschaft zu verstehen und laufend Fakten und Positionen zu klären. Die beiden Integrationsdelegierten sind Ansprechpersonen für alle Akteure, mit denen sie bei Bedarf offene und kritische Gespräche führen. Dies ermöglicht es, am Runden Tisch eine aktive Begegnungs- und Diskussionskultur zu erhalten.